해방이후 한국교회는 일제의 억압으로 무너진 교회를 재건하는 과정에서 크게 세 갈래로 갈라진다． 그 중 일제의 강요에 따라 신사참배를 행하고 일본 기독교조선교단으로 편입된 한국 장로교회는 그 정통성을 상실한 것으로 단정하고, 이전의 순수성을 회복한다는 운동을 벌인 사람들이 재건파교회이다．이들은 기존교회를 거부하고 46년부터 별도의 교회를 설립하기 시작했고, 북한에서는 김린희전도사(선천), 남한에서는 최덕지전도사가 중심인물로 활동했다．

재건교회는 곡간 등에서 예배를 드렸다고 해 곡간교회라고도 불렸으며 평신도들이 많이 참여해 주상수, 강상은, 염애나 등이 대표적인 인물로 부상했다．
재건교회의 최덕지 전도사는 교회재건에 있어서 극단적인 태도를 취했다. 지난 날 교회당 건물마저도 ‘하나님이 계시지 않는’ 마귀 당이라고 정죄하고 교회당을 불태웠고 기존 교회교인들과 인사를 나누는 것은 동참 죄를 범하는 것이라고 비판하였다. 초기 고려신학교 출발을 도왔던 주상수 장로도 결국 최덕지의 편에 서게 되었다. 그러나 이들은 교회를 위한 신학을 정립하는 데 힘을 기울이지 않아 교회를 정상적으로 세워가기 어려웠다. 현재까지 소수가 명맥을 유지해 가고 있다.

일제와 타협하고 무서운 죄를 범하면서 교권을 행사해 온 기존 장로교회 지도자들은 출옥성도들의 교회재건 기본 원칙을 독선적이라고 비난하며 기존의 질서를 유지하려 하였다. 그들은 “옥중에서 고생한 사람이나 교회를 지키기 위하여 고생한 사람이나 그 고생은 마찬가지였고 교회를 버리고 해외로 피난생활을 했거나 혹은 은퇴생활을 한 사람의 수고보다는 교회를 등에 지고 일제의 강압을 이기지 못한 사람의 수고가 더 높이 평가되어야 한다”고 주장하였다. 그리고 신사참배에 대한 회개와 책벌은 하나님과의 직접관계에서 해결될 성질의 것이라고 항변했다. 이들은 어떻게 해서라도 신사참배로 추락한 자기들의 위치를 극복하고 그동안 다져온 교권을 놓치지 않고 주도적인 위치를 지켜가기만을 원했다.

1946년 6월의 남부총회에서 ‘27회 총회가 범과한 신사참배 결의는 이를 취소한다’고 선언하였으나 매우 형식적이라는 비판을 받았고, 1947년 경남노회 이후 교권주의자들은 자신들을 향한 교회의 역풍이 너무 거세다는 사실을 느끼고 비로소 신사참배를 죄로 시인하였다. 그러나 이는 진심에서 한 것이 아니라 교회 평신도들의 거센 항거에 밀려 잠시 후퇴한 것뿐이었다. 이러한 교권주의자들의 형태에 대하여 너무 실망하고 허탈감을 느낀 나머지 순교자 정신에 입각한 새로운 노회를 조직하여 교회 재건에 나서자고 주장하는 사람들도 나타나게 되었다.

마지막으로는 기성교회에 속해 있으면서도 회개를 촉구하고 교회 개혁과 쇄신을 시도했던 중도우파로 분류될 수 있는 운동이 있었다． 혁신복구파로 불리는 이기선 목사는 북한에서 활동했고, 한상동 주남선 손양원 목사는 남한의 교회 재건 운동의 중심인물로 활동했다．8ㆍ15광복과 함께 출옥한 성도들은 순교자 주기철 목사가 시무했던 산정현 교회에서 한국 장로교회 재건에 관한 제반 문제를 논의하였다. 이들은 한국 장로교회의 재건은 먼저 변절한 교회지도자들의 참회와 공적인 권징을 통한 교회의 정화 및 순수한 복음의 전파, 그리고 바른 신학에 의한 충성된 교역자 양성에 있다고 보았다. 신사 참배한 죄를 개인적으로 뿐 아니라 공적으로 회개하지 않는 한 한국 교회의 참된 재건은 불가능하다고 보고 다음과 같은 기본원칙을 발표하여 교회의 개혁과 쇄신을 위한 뜻을 밝혔다.

1. 교회의 지도자들은 모두 신사에 참배하였으므로 권징의 길을 취하여 통회정화한 후 교역에 나설 것
2. 권징을 자책 혹은 자숙의 방법으로 하되 목사는 최소한 2개월간 휴직하고 통회자복할 것
3. 목사와 장로의 휴직 중에는 집사나 혹은 평신도가 예배를 인도할 것
4. 교회재건의 기본원칙을 각 노회 또는 지 교회에 전달하여 일제히 이것을 실행하게 할 것
5. 교역자 양성을 위한 신학교를 복구할 것.

이에 따라 한상동 목사를 중심한 남쪽의 출옥성도들은 부산에 고려신학교를 설립하고 바른 신학 교육을 통한 교회 재건 운동을 본격화 하였다.